El grupo III de la Tercera División española de fútbol fue el grupo autonómico cántabro de dicha categoría; constituyó el cuarto nivel de competición del sistema de liga en la Cantabria. El plantel de La Salud sorprende y consigue rápidamente alcanzar la división de Preferente, debutando en ella la temporada 1981-82. Su increíble progresión continuaría la siguiente temporada pues tras un inmejorable debut conquista el campeonato. Además fue anunciada la contratación de Jesús Arellano, aquel jugador mundialista en Francia ’98 y que fue vendido a Chivas para combatir la crisis económica, volvía al equipo para ponerse a las órdenes de Floro y guiar a la ofensiva del plantel. Diversos problemas tales como la intervención por parte de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, adeudos con el sueldo de jugadores y con el pago de jugadores transferidos al equipo, un plantel limitado en calidad y cantidad, y el cambio de entrenador fueron causantes de que el equipo experimentara una crisis económica y futbolística. Otro es el saque de banda, en esta situación cuando el balón sale del campo, se debe aplicar esta técnica en el mismo lugar donde había salido, el jugador con ayuda de sus dos manos dirige al balón, el movimiento de este saque debe determinarse desde la parte de atrás hacia delante por encima de la cabeza del jugador, y sus pies deben estar posicionados en forma paralela sin pisar la línea lateral.
La final de vuelta tuvo lugar el 14 de junio de 2003 jugando como visitante ante el Club Monarcas Morelia de Michoacán ganando por marcador global de 3-1. Los goles del Monterrey fueron anotados por Walter Erviti, Guillermo Franco y Héctor Castro de penal, descontando por el cuadro michoacano Adolfo Bautista hacia el final del encuentro del partido de ida. Y aunque en la vuelta perdieron uno a dos en el Tec, los felinos no les pudieron quitar el sabor que dejó la victoria que habían logrado tres días atrás. En la final celebrada en Los Ángeles, derrotó al Santos Laguna por marcador de cuatro por tres. En el Apertura 2004 Monterrey accede a la liguilla en el torneo de debut de Miguel Herrera como técnico, venciendo al Pachuca por global de 3 – 2, luego venciendo al Atlante por global de 7-3 y perdiendo la Final ante los Pumas de la UNAM por marcador global de 3 – 1 tras perder por 2-1 en México y 0-1 en el Tecnológico. Tras haber pasado a la liguilla y ya con Víctor Manuel Vucetich en el banquillo, Monterrey se encontraba en el quinto lugar de los 8 equipos ya clasificados.
Después de haber superado la lucha por la permanencia en la Primera División, la Secretaría de Hacienda que mantenía intervenido al club por las deudas que tenía con ese organismo, decidió dejar su administración en manos de FEMSA, empresa dedicada mayormente a la comercialización de bebidas como Coca-Cola y Carta Blanca, además de tiendas como la cadena Oxxo. FAS es el club más exitoso del campeonato después de haber ganado el torneo diecinueve veces, seguido de Alianza con diecisiete títulos, Águila con dieciséis títulos e Isidro Metapán y Luis Ángel Firpo con 10 títulos. En la jornada diecisiete Monterrey se enfrentó al Puebla en un encuentro que resolvería que equipo iría a la categoría inferior. El segundo título de su palmarés después de diecisiete años fue el campeonato del torneo Clausura 2003, de la mano del argentino Daniel Passarella como entrenador. Era necesario cambiarle la cara al equipo, por lo que llegaron once refuerzos al plantel incluidos jugadores de renombre como Pedro Pineda y Claudio da Silva «Claudinho», que se le unieron al nuevo técnico Eduardo Solari y al emblema del equipo, el argentino Antonio Mohamed. Tras varios torneos con bajo nivel fue cesado Miguel Herrera como entrenador regiomontano, en su relevo entró Issac Mizrahi, y después del Interliga llegó Ricardo La Volpe, con quien clasificaron a la liguilla del Clausura 2008 derrotando al líder general, al Club Deportivo Guadalajara, en los Cuartos de final por marcador global de 8-5. Posteriormente se enfrentaron en la Semifinal ante el Santos Laguna donde igualaron por global de 3-3, siendo eliminados debido a la mejor posición en la tabla general el conjunto Lagunero.
En su última edición, debido a que el Torneo Nacional dejó de disputarse, los 6 clubes semifinalistas clasificaron a la liguilla Pre-Libertadores y, por otra parte, fue la única que consagró un campeón. «PRIMEIRA COPA XUNTA DE GALICIA PARA CLUBES DE FUTBOL» (en gallego). Fundada en noviembre de 1890, la USFSA tenía inicialmente su sede en París, pero sus miembros pronto se ampliaron para incluir clubes deportivos de toda Francia. El punto más crítico se alcanzó en la jornada nueve, ya que venía el partido clave en la lucha por no descender ante el mismo Toros Neza, esta vez no era en la última jornada y era la perfecta ocasión para separarse tres puntos de ese rival. Sergio «Alvin» Pérez, jugador extraído de las fuerzas básicas del club, anotó el gol que ponía enfrente al Monterrey y lo salvaba del descenso a pase de Francisco Javier Cruz, un histórico del equipo que trece años atrás le había dado al club su primer trofeo de liga y quien se retiraba ese día, teniendo como escenario a un repleto Estadio Tecnológico.
